Первое упоминание о монастыре Наварры Сан-Сальвадор-де-Лейре относится к VI веку, когда в 594 году король Рекаредо содействовал его восстановлению. В XVI веке монастырь был перестроен, поэтому старых стен в нем почти нет. История всей Наварры связана с этим монастырем.
Комунидад Фораль де Наварра – автономная область Испании, в прошлом эта территория принадлежала Королевству Наварра. В 1512 году часть Наварры была захвачена Кастилией, Верхняя Наварра стала принадлежать Испанской короне. Одним из королей Нижней Наварры был основатель династии Бурбонов Генрих IV, сейчас Нижняя Наварра, столицей которой является Байона, входит в состав Франции. В Памплоне – столице испанской части Наварры, сохранявшей статус Королевства до 1841 года, сегодня проживает половина жителей автономии.
В жизнеописании Карла Великого, составленном Эгинардом в IX веке, была впервые упомянута Наварра. Исследователи считают, что само название «Наварра» произошло из древнего языка басков: «нава» означает «равнина в окружении гор». Под равниной подразумевают территорию вокруг города Памплона. Первое подробное описание монастыря Наварры Сан-Сальвадор-де-Лейре относится к 851 году. Записи были сделаны Эулохио из Кордовы, который останавливался в этом монастыре в 848 году по дороге во Францию. В своих записях Эулохио говорит о большом количестве монахов в Сан-Сальвадор-де-Лейре, а сам монастырь имеет огромную библиотеку и хранит многочисленные реликвии. С VIII века бенедиктинский монастырь Наварры Сан-Сальвадор-де-Лейре служил усыпальницей королей Наварры.
В конце IX - начале X века в монастыре Сан-Сальвадор-де-Лейре проживал аббат Вирила, настоятель, с которым произошла удивительная история. Однажды во время утренней мессы он задумался над словами о вечности: «…тысяча лет пред очами Твоими, Господи, как день вчерашний, уже прошедший…». Отправившись после мессы на прогулку в лес, он продолжал размышлять на эту тему.
Во время прогулки Вирила прилег близ горного родника и под песнопение соловья уснул. Проснулся он уже на закате и сразу поспешил в монастырь. На входе привратник его не узнал, сказав, что в монастыре сейчас другой настоятель. Вирила стал замечать, что вокруг него также все изменилось. В одной из книг монахи нашли запись о том, что 300 лет назад при неизвестных обстоятельствах пропал настоятель монастыря аббат Вирила.
История имела продолжение. Во время молитвы в церкви монахи услышали громкий звук, после чего раздался голос: «Вирила, если обычное пение соловья ввело тебя в экстаз на целых 300 лет, то можешь себе представить, насколько лучшим будет твое пребывание в Вечности…». В следующее мгновение в церковь влетел соловей с кольцом аббата в клюве. Надев это кольцо, Вирила остался настоятелем до конца своих дней. Так, в эти годы, вопреки правилам, в монастыре Наварры Сан-Сальвадор-де-Лейре было два настоятеля.