Створення Українського конгресу в Росії викликав розбіжності у представників української діаспори. Колишній голова ліквідованого Об'єднання українців Росії Тарас Дудко заявив про свій намір створити альтернативну організацію діаспори, оскільки новостворена «не буде діяти в інтересах українців».
«На наш з'їзд увірвалися люди, яких ми не запрошували. Це ― Єршов, Семененко, Скопенко... Вони закликали делегатів не приїжджати на з'їзд. Ці люди обдурили громаду. Вони вибрали нового очільника і членів правління, ввели туди деструктивних людей, які нічого не зробили для проведення цього установчого з'їзду», ― прокоментував ситуацію Дудко в інтерв'ю Радіо Свобода.
У відповідь член нового правління Валерій Семененко зазначив, що організацію в Росії можна заснувати за ініціативою трьох осіб, однак щоб її визнали загальнодержавною, потрібно заснувати 42 представництва в регіонах.
Він послався на міністра закордонних справ Росії Сергія Лаврова, нібито той сказав, що вони закрили Об'єднання українців Росії з політичних причин. Позов Мін'юсту РФ задовольнив Верховний суд Російської Федерації, який відбувся 18 травня.
За словами нових членів правління Українського конгресу, їхня організація візьме на себе всі функції ліквідованої. У той же час прем'єр-міністр України Микола Азаров заявив під час візиту в Москву, що готовий фінансувати нову організацію з держбюджету. Українські депутати фракції Партії регіонів також схвалили створення нової організації.